Los caballos muestran una gran variedad de colores de capa y de marcas distintivas, que dan lugar a amplio vocabulario descriptivo especializado. A menudo un caballo se clasifica antes por el color de su capa que por su raza o sexo.[34] Los caballos del mismo color de capa se pueden distinguir por alguna marca blanca distribuida a lo largo de sus cuerpos,[35] que junto a los patrones moteados se heredan de forma independiente de color de la capa.[36]
Se han identificado muchos genes que dan diferentes colores a la capa de los caballos, aunque continúan las investigaciones para identificar los demás factores que dan origen a distintos rasgos. Una de las primeras relaciones genéticas que se entendieron fue la existente entre el color rojizo recesivo y el dominante negro, que está controlado por el receptor de melanocortina 1. Otros alelos controlan el moteado, el intercalado de pelos blancos, la supresión o dilución del color, y otros efectos que crean las docenas de posibles colores de capa de los caballos.[37]
Las capas alazana, castaña y negra son los colores equinos básicos. Estos colores son modificados por lo menos diez genes que crean el resto de los colores, incluyendo diluciones como el palomino o los patrones de manchas como los pintos.[37] No todos los caballos blancos tienen una capa blanca de nacimiento, a menudo los caballos blancos de mediana edad eran caballos grises al nacer. Los grises nacen con un tono más oscuro y se vuelven grises con la edad, y ambos generalmente tienen la piel negra bajo sus capas de pelo blanco (con la excepción de las pieles rosa bajo las marcas blancas). Sólo los caballos que nacen con la capa blanca tienen la piel rosada, algo que es una característica rara.[38
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